Aan het einde van de zestiende eeuw bevindt zich een grote groep Waalse vluchtelingen zich in Leiden, het zijn Franstalige protestanten die vluchten voor kerkelijke vervolging. Het stadsbestuur van Leiden biedt hen in 1584 de mogelijkheid om gebruik te maken van de Onze Lieve Vrouwekerk in de Haarlemmerstraat om zo hun geloofsovertuiging uit te oefenen. Aangezien de Waalse gemeente snel groeit was er al snel een tekort aan ruimte en werd in 1638 de kapel van het Sint-Catharinagasthuis in gebruik genomen als hulpkerk. Echter is dit maar voor korte duur want de gemeente krimpt en op een gegeven moment wordt de hulpkerk aan de Breestraat overbodig voor de Walen. In de periode daarna (ongeveer van 1738 tot 1819) gebruiken de Walen enkel de Onze Lieve Vrouwekerk en wordt de gashuiskapel gebruikt als slachthuis. In het jaar 1819 wordt de Onze Lieve Vrouwekerk afgebroken en krijgt de Waalse gemeente de kapel aan de Breestraat in haar eigendom.
Nog altijd
De diensten in Waalse kerk worden nog altijd volledig in het Frans gegeven, de zang wordt begeleid door een orgel afkomstig uit het jaar 1746.